C'est la suite de Clannad. Voir l'un sans l'autre n'a pas beaucoup de sens donc avant de voir Clannad after story, regardez Clannad.

Le début de l'histoire se déroule toujours au lycée, en compagnie de Tomoya et Nagisa. Leurs études touchent à leur fin, Tomoya doit trouver un travail pendant que Nagisa, qui a redoublée en raison de sa maladie, vas à l'école. Tout s'enchaine, les mystères sont résolue au fur et à mesure, les questions qu'on se posait persistent toujours mais s'éclaircissent peu à peu.